ImmPortResources是ImmPort数据库(Immunology Database and Analysis Portal)中的一个重要模块,提供丰富的免疫学数据与信息,为免疫组学研究提供支持。本文将详细介绍该模块中的多种实用资源,帮助研究者更好地利用这些工具。
首先,访问ImmPort官网并选择Resources模块,或直接访问相关网址,即可进入ImmPortResources模块。该模块中包含丰富的资源,主要可分为以下几个类别:
一、免疫组学参考数据集
ImmPort对自身的研究项目进行了整合与分类,研究人员可以根据研究目的选择适合的Program,精确筛选项目与数据集,方便快速获取需要的信息。
二、细胞、基因与分子数据库
ImmPort收集并整理了与免疫学相关的细胞、基因及其分子功能的注释信息,为免疫研究者提供便利。
- Cell Ontology Browser:建立了标准化的免疫细胞分类系统,旨在解决细胞类型命名混乱的问题,并提供细胞类型间的关系网络。
- immuneXpresso:这是一个基于文本挖掘的免疫细胞互作分析引擎,虽然当前处于关闭状态,但可以下载其过去收集的互作关系列表。
- Gene List:从Reactome和GO数据库中精选出与免疫系统及其过程相关的基因列表,研究人员可关注这些基因的功能及表达模式。
- Cytokine Registry:专门收录细胞因子及其受体的信息,解决不同数据库间的命名差异,提供可靠的名词参考。
- Immune Regulation:识别目标免疫基因的调控因子,通过输入目标基因与研究项目便可查询相关信息。
三、实用分析工具
- ImmPort API:提供应用程序接口(API),便于查询与下载ImmPort数据库中的共享数据。
- Immcantation:为适应性免疫受体组库(AIRR)提供了一套全流程分析工具,涵盖数据预处理到深度分析。
- Deep Learning for Cytometry Data:提供Keras与TensorFlow的教程,支持构建基于CyTOF数据的深度学习模型,以实现高精度的潜伏性CMV感染诊断。
在本期内容中,我们探讨了ImmPort数据库Resources模块中的关键参考数据集与实用工具。各位研究者如需了解更多数据库信息,欢迎在评论区留言!同时,别忘了关注俄罗斯专享会294,以获取更多生物医疗领域的最新资讯与资源。